Pembatasan negara terhadap kebebasan beragama lewat undang-undang hanya dibenarkan sejauh untuk menjaga keselamatan masyarakat, melindungi tatanan masyarakat, menjaga kesehatan masyarakat, menjaga moral, dan menjaga hak dan kebebasan orang lain. Untuk konteks Indonesia keharusan negara untuk menjamin dan melindungi kebebasan beragama penduduk merupakan tuntutan Pasal 28E ayat (1) dan (2), Pasal 28I ayat (1), dan Pasal 29 ayat (2) UUD 1945, Pasal 22 ayat (2) Undang- Undang Nomor 39 Tahun 1999 tentang HAM, dan Pasal 18 Undang Undang Nomor 12 Tahun 2005 tentang Pengesahan Kovenan Internasional Hak-hak Sipil dan Politik. Namun, Pemerintah Indonesia pada era Demokrasi Terpimpin pernah mengeluarkan Penpres No. 1/PNPS/1965 tentang Pencegahan, Penyalahgunaan dan/atau Penodaan Agama.
